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Megaman 3 , ou Rockman 3: Dr Willy no Saigo!?( Megaman 3: The End of Dr Willy!?), traz como novidades a aparição de Rush; o cachorro robô que se transforma em jato, submarino e mola; a habilidade de dar rasteira; não atacando o inimigo( NÃO FAÇA ISSO!) mas para passar por passagens baixas; o surgimento de Protoman; o primeiro robô de Dr Light e irmão mais velho de Megaman.
Dr Willy pediu perdão e se juntou ao Dr Light para construírem um robô especial. Para isso os dois constroem oito Robots Masters para coletar itens importantes para a criação dele. Porém Top Man, Hard Man, Snake Man, Gemini Man, Spark Man, Magnet Man, Shadow Man e Needle Man se revoltam e decidem ficar com os objetos para si. Para obtê-los eles chamam Megaman.
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Como sempre você começa na tela de seleção de chefes. Aqui a ordem é importante: Top Man, Shadow Man, Spark Man, Magnet Man, Hard Man, Snake Man, Gemini Man e Needle Man. Ao derrotar Shadow e Needle você adquire, além de suas armas como os outros, o Rush Marinho e o Rush Jet.
Em algumas fases um misterioso robô vermelho denominado Break Man aparecerá em seu caminho para enfrentá-lo nas fases de Magnet Man, Hard Man e Shadow Man. Não pule, rasteje por baixo dele quando ele passar e atire sempre. Depois de cada luta, ele fugirá. Na fase de Gemini Man ele abrirá caminho para você.
Após vencer os oito robôs, o herói terá de enfrentar Doc Robot que invoca os dados dos oito chefes do jogo anterior e usa suas habilidades porém você não as copia ao derrotá-los. Serão duas lutas em quatro estágios dos chefes deste jogo. Na fase de Needle Man, enfrente Air Man(Use Spark) e Crash Man(Use Hard). De Shadow Man, Wood Man(Needle) e Heat Man(Use Shadow). De Gemini Man, Flash Man(Use Gemini) e Bublee Man(Use Spark). E de Spark Man, Metal Man(Use Magnet) e Quick Man(Use Snakes). Depois Break Man lhe desafiará mais uma vez e fugirá de novo.
Após os itens serem levados ao Dr Light, Willy o trai novamente, rouba-os e foge para o seu castelo. Ele era o responsável por tudo. É hora de invadir o castelo de Willy. Os chefes são Turtle Marker(Destrua os pequenos robôs que ele libera com o tiro normal), Yellow Devil Take 2(Use
Hard Knucle), três clones do Megaman nos teletransportadores( Use Hard Knucle no que sofre dano), os oito chefes novamente(Use a arma que você adquiriu quando o venceu pela primeira vez exceto no Top Man, nele use Hard Knucle).
Aí lute com Willy(Ataque o canhão de baixo com a Hard com cuidado, e quando Willy aparecer ataque com a Hard precisamente para atingi-lo quando ele se abaixar) e Gamma, o robô planejado que só Willy controla( Use Hard novamente e quando Willy surgir acerte-o em cheio com o giro de Top Man para vencê-lo na hora).
Ao derrotá-lo, o castelo de Willy começa a desabar e ele e Megaman são soterrados. Break Man aparece e salva Megaman, mas é tarde para Willy. Megaman acorda em casa e Dr Light diz que ele foi trazido por alguém que ele não chegou a ver. Ao ouvir o assobio, o cientista reconhece que Break Man é Protoman, o primeiro Robot Master. Aparece a lista de robôs construídos por Light, primeira vez que Roll é mencionada:
008 Elec Man
007 (James Bond, hehe) Fire Man
006 Bomb Man
005 Ice Man
004 Guts Man
003 Cut Man
002 Roll
001 Rock( O Rockman ou Megaman)
000 Proto Man
O herói olha para o céu e pensa no irmão. A nave de Willy aparece voando não sendo notada, o que pode significar que o vilão está vivo.